In Naturschutzgebieten und Nationalparks darf nicht gefrackt werden, aber unter oder unmittelbar angrenzend an solche Gebiete schon. Das bedeutet, dass besonders Natura-2000-Gebiete vor Fracking im Sandstein durch das neue Gesetz bedroht sind, aber auch andere ökologisch sensible Gebiete einen nur unzureichenden Schutz erhalten. Über Horizontalbohrungen könnten unterhalb von Schutzgebieten chemische Substanzen in den Boden geleitet werden.
In Niedersachsen, Schleswig-Holstein, Nordrhein-Westfalen, Hamburg und Bremen sind nun insgesamt mehr als ein Drittel der Natura-2000-Flächen durch Fracking bedroht. Somit wird der Schutz seltener Arten und Biotope ausgehöhlt und der Zerstörung von Böden, Gewässern und Lebensräumen Tür und Tor geöffnet. Der BUND fordert deshalb ein weitreichendes Frackingverbot.