Was macht die alte Brauerei so attraktiv für Fledermäuse? Neben der Ungestörtheit bietet die Ruine ein günstiges Mikroklima. Unter dem Bahnhofsberg strömt Schichtenwasser zusammen und sorgt für ein feuchtes Klima, ein Umstand, der seinerzeit auch die Bierbrauer veranlasste, hierher zu ziehen. Die meisten Fledermausarten bevorzugen ebenfalls eine hohe Luftfeuchtigkeit, insbesondere während ihrer Winterruhe. Zudem sind die Temperaturen in den unterirdischen Gewölben stabil. Nur ausnahmsweise fällt das Thermometer unter den Gefrierpunkt.
Für die Großen Mausohren, einer sehr groß gewachsenen Fledermausart, ist die Ostquellbrauerei eines der wichtigsten Winterquartiere Mitteleuropas. Doch nicht nur die auch Riesenfledermäuse genannten Tiere kommen nach Frankfurt, die Zahl der übrigen Arten hat seit der Entdeckung des Quartiers ebenfalls ständig zugenommen. Gegenwärtig überwintern elf Fledermausarten in den Gewölben, darunter solche Raritäten wie Mopsfledermaus, Bechsteinfledermaus sowie Große und Kleine Bartfledermaus. In den Herbstmonaten bietet sich mit dem sogenannten "Schwärmen" ein beeindruckendes Naturschauspiel, wofür sich jedes Jahr mehr Frankfurter begeistern. Tausende Fledermäuse sind dann unterwegs, um das Gelände der alten Brauerei zu erkunden.
