Die wertvollen Überreste der Moore liegen heute oft in Schutzgebieten. Für sie wurden Natura-2000-Schutzgebiete ausgewiesen. Dennoch musste die Bundesregierung Ende 2007 feststellen, dass sich die Moore in den NATURA-2000-Gebieten in schlechtem oder unzureichendem Zustand befinden. Nur in der alpinen Region (entspricht einem Prozent der Landesfläche) ist die Situation etwas besser. Deshalb sind in vielen Mooren Maßnahmen zur Verbesserung ihres Zustands notwendig.
Damit Moore wieder Torf bilden, müssen sie wiedervernässt werden. Die Voraussetzung dafür sind oberflächennahe Wasserstände und ein langzeitiger Wasserüberschuss im Moor. Zur Stabilisierung des Wasserhaushalt in degradierten Mooren ist deshalb meist ein Rückbau der Entwässerungsgräben und ein Anstau des Wassers im Gebiet notwendig.
Zur Unterstützung der Wiedervernässung muss das Einzugsgebiet und eine daran anschließende Pufferzone gepflegt werden. Dazu zählen beispielsweise die Entfernung von Baumbewuchs (Entkusseln, Entbuschen) auf wiedervernässten oder ehemaligen Moorstandorten oder die extensive Nutzung von Streuwiesen. In vielen Bundesländern gibt es staatliche Moorschutzprogramme.
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