Schließlich sind auch einige Arten ein Problem für den Naturschutz: Invasive Arten treten mit den heimischen Arten in Konkurrenz um Lebensraum und Ressourcen. Sie können dadurch andere Arten oder ganze Artengemeinschaften verdrängen. So wurde z.B. die einheimische Bibernell-Rose durch die neophytische Kartoffel-Rose in den Dünen Norddeutschlands verdrängt. Ein weiteres Beispiel ist das Indische Springkraut als mitunter einziger Bewuchs von Bachufern.
Invasive Arten können auch die Standortbedingungen und damit ökologische Kreisläufe verändern. Die Robinie z.B. siedelt in brach fallendem Halbtrockenrasen und begünstigt durch ihre Stickstoffanreicherung im Boden weitere, die Halbtrockenrasenarten verdrängende Arten.
Weniger offensichtlich und nur mit Labormethoden nachweisbar sind Einkreuzungen der Gene von Neophyten in einheimische Arten (z.B. durch Gartenformen der Gemeinen Akelei). Dies führt zum unmittelbaren Verlust einzelner Gene und damit von genetischer Vielfalt sowie zu einer schleichenden Veränderung der Art, die unter Umständen komplett durch den Neophyten "ersetzt" wird.
Neben dem Abau in Land- und Forstwirtschaft gibt es weitere Möglichkeiten der Einschleppung und Freisetzung: Kanäle und Straßen dienen als Wanderwege, die Tiere brechen aus der Gefangenschaft aus, Gartenabfälle werden in die freie Landschaft "entsorgt".
Insgesamt nimmt die Bedeutung invasiver Arten in Wissenschaft, Recht und auch im Naturschutz zu. Vor allem Inselstaaten wie Neuseeland sehen sich durch gebietsfremde Arten schwerwiegenden Problemen gegenüber.
