Gemeldet werden die NATURA-2000-Gebiete von den Staaten selbst. Als Kriterium gelten Verbreitungsgebiete von als besonders schützenswert klassifizierten Arten oder Lebensräume. Für den Lebensraum Meer sind es vor allem Gebiete, in denen Meeressäuger oder seltene Vögel und Fische vorkommen oder auch empfindliche Habitate wie Riffe und Sandbänke. In Deutschland gehören 14 Prozent der Landflächen und 31 Prozent der Meeresfläche zu diesem Netzwerk.
Die Doggerbank
Mit einer Ausdehnung von 300 Kilometern in Ost–West- und 150 Kilometern in Nord-Süd Richtung ist die Doggerbank die größte Sandbank der Nordsee. Sie liegt ziemlich genau in der Mitte der Nordsee und entstand aus Ablagerungen der großen eiszeitlichen Flüsse. Dies ist gleichzeitig die Stelle, an der die eher warmen Wassermassen aus der südlichen Nordsee mit den kälteren Wassermassen aus dem Norden zusammentreffen. Solche Grenzgebiete zeichnen sich durch eine sehr hohe Produktivität und große Vorkommen von Plankton aus.
Das gute Nahrungsangebot bildet die Grundlage für den Fischreichtum in diesem Gebiet. Auch Seehunde und Schweinswale jagen hier regelmäßig.
Die Doggerbank ist nach der FFH-Richtline ein schützenswerter Lebensraumtyp Sandbank. Sein günstiger Erhaltungszustand soll daher bewahrt oder wieder hergestellt werden. Hier sind insgesamt 38 "Rote Liste"-Arten nachgewiesen worden.
Borkum Riffgrund
Borkum Riffgrund ist ein kleines, sehr artenreiches Schutzgebiet. Es soll ein Ausgangspunkt für die Wiederausbreitung gefährdeter Arten sein. Besondere Bedeutung kommt diesem Gebiet für sogenannte Makrozoobenthosarten zu. Damit sind alle Tiere, vor allem Würmer, Schnecken, Krebse und Muscheln, gemeint, die am und im Boden leben und größer als 1 Millimeter sind. Bis jetzt konnten 165 Arten nachgewiesen werden. Außerdem kommen in diesem Gebiet einige stark vom Aussterben bedrohte anadrome Fischarten (Meeresfische, die zum Laichen ins Süßwasser ziehen) wie die Finte vor. Aber auch Schweinswale und Robben ziehen immer wieder durch dieses Gebiet.
Sylter Außenriff
Das Sylter Außenriff befindet sich am östlichen "Ufer" des ehemaligen Elbe-Urstromtals und beinhaltet auch die Amrumbank. Das Gebiet zeichnet sich durch eine außerordentliche Vielfalt an Lebensraumtypen aus. Grob- bis feinsandige Sandbänke werden immer wieder von kleinen Geröllflächen unterbrochen. Dieser Habitatreichtum bietet Sandbankgemeinschaften ebenso ein Zuhause wie den auf Hartsubstrat angewiesenen Riffgemeinschaften. Zudem ist hier wohl der beste Beobachtungsplatz für Schweinswale in der deutschen Nordsee. In keinem anderen Schutzgebiet wurden bisher mehr Schweinswale gezählt. Und auch viele bedrohte Seevögel haben hier ihre Jagdreviere.
Östliche Deutsche Bucht
Die Östliche Deutsche Bucht ist für den Schutz der Seevögel von besonderer Bedeutung. Sie dient unter anderem Sterntauchern, Prachttauchern, Zwergmöwen und verschiedenen Seeschwalbenarten als Nahrungs- und Überwinterungsgebiet. Aber auch Sturmmöwen, Eissturmvögel, Basstölpel, Dreizehenmöwen, Trottellummen und Tordalke nutzen dieses Gebiet als Rastplatz während ihrer Wanderungen.
