Deutschlands Küsten grenzen an die Ostsee und die Nordsee. Die Meeresschutzpolitik in diesen Regionen ist sehr komplex: Die Bundesländer sind zuständig für die Küstengewässer bis zu der 12-Seemeilengrenze. Der Bund dagegen ist für die Gewässer zwischen 12 und 200 Seemeilen zuständig, der sogenannten Ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ).
Für die Ostsee und Nordsee gibt es regionale Meeresschutzabkommen, die alle Anrainerstaaten samt der Nicht-EU-Mitglieder einschließen. Das Meeresschutzabkommen für die Ostsee ist das Helsinki-Abkommen zum Schutz der Meeresumwelt der Ostsee (HELCOM), das Abkommen für die Nordsee ist das Oslo-Paris Abkommen zum Schutz des Nord-Ost-Atlantiks (OSPAR). Der BUND setzt sich über seine Mitgliedschaft bei Coalition Clean Baltic (HELCOM) bzw. Seas at Risk (OSPAR) für beide Abkommen ein.
Darüber hinaus gibt es noch weitere meeresrelevante Abkommen wie die Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie und die Vogelschutz-Richtlinie der EU, deren zusammengefasstes Schutzgebietssystem Natura 2000 auch marine Schutzgebiete umfasst. Über das Programm Natura 2000 wird somit ein Netz von Schutzgebieten an Land und im Wasser geschaffen. Besonders für Zugvögel und andere wandernde Tierarten ist Natura 2000 wichtig, damit sie auf ihrer langen Reise regelmäßig Erholung und Nahrung finden können.
Die EU-Politik reguliert mittlerweile stark die nationale und internationale Meerespolitik. Beispiele hierfür sind die Fischereipolitik, die Agrarpolitik, die Verkehrspolitik, die Subventionspolitik und die Chemikalienpolitik. All diese Politikfelder haben einen direkten Einfluss auf den Zustand der Meere. Eine übergeordnete Richtlinie ist die Meeresstrategie-Rahmenrichtlinie.
Weiterhin hat die Bundesregierung im Rahmen des Übereinkommens über die biologische Vielfalt (Convention on Biological Diversity = CBD) eine starke Position eingenommen, um den Verlust von biologischer Vielfalt besonders der Meere zu beenden und um ein weltweites Netz geschützter Meeresgebiete bis zum Jahr 2012 zu schaffen. Diese Position soll nun umgesetzt werden. Zum Schutz der Biodiversität wurden hierfür auf europäischer und nationaler Ebene Aktionspläne erarbeitet.
