Mit Ballastwasser erhöhen Schiffe ihr Gewicht, um sich bei Leerfahrten zu stabilisieren. Leider werden dabei jede Menge kleine Tiere und Larven mit in die Tanks gepumpt. Beim Auspumpen der Tanks bei der Einfahrt in den nächsten Hafen landen auch die blinden Passagiere wieder im Meer. Ungefähr 2,7 Millionen Tiere sind es täglich alleine in deutschen Häfen. Finden sie dann noch gute Bedingungen vor, steht einer Ausbreitung der sogenannten Neozoen (invasive Tierarten) nichts mehr im Wege.
Dennoch ist die Anzahl der eingeschleppten Arten in Nord- und Ostsee bisher mit rund 170 vergleichsweise gering geblieben. Meist haben sich die neuen Arten ins Ökosystem eingegliedert ohne größere Schäden anzurichten. Ausnahmen sind die Pazifische Auster und die Amerikanische Schwertmuschel, die ihre ursprünglich heimischen Verwandten heute weitestgehend verdrängt haben und die als invasive Arten gelten.
Neben der Verdrängung einheimischer Spezies können sich Neozoen aber auch auf andere Weise dramatisch auf das Ökosystem auswirken. Einschleppte Parasiten und Krankheitserreger richten häufig größeren Schaden an als die neue Art selber. Ein Beispiel von vielen ist die aus Amerika eingeschleppte Krebspest, der unsere einheimischen Süßwasserkrebse reihenweise zum Opfer fallen.
Störungen der etablierten Nahrungsketten und der Räuber-Beute-Interaktionen aufgrund eingeschleppter Arten sind in unseren Meeren bisher immerhin ausgeblieben. Eine Hybridisierung, also eine genetische Vermischung mit einheimischen Arten, an deren Ende oft unfruchtbare Nachkommen stehen, wurde hingegen bei der Pazifischen und der Europäischen Auster schon beobachtet.
Den größten wirtschaftlichen Schaden richten bisher die holzfressende Schiffsbohrmuschel, die Pazifische Auster und ein fischparasitärer Wurm an, der sich in der Schwimmblase von Aalen einnistet. Neue Filtertechniken oder eine Sterilisation mit Bioziden oder Ozon sollen in Zukunft helfen, die Gefahr von Organismen aus Ballastwasser für das Ökosystem etwas zu reduzieren. Der Einsatz von Chemikalien sollte aber auf jeden Fall vermieden werden.
