Bei der Sand- und Kiesentnahme werden Teile von Sandbänken oder gleich gesamte Sandbankhabitate mit allen Lebewesen, die dort vorkommen, dem Meer entnommen. Dabei tragen Saugbaggerschiffe den Boden oft metertief ab. Eine Widerbesiedlung durch die früheren Bewohner ist danach meist nicht mehr möglich, da die Korngrößen des Sediments nach dem Eingriff verändert sind. Die Sedimente, die sich nach dem Absaugen ablagern, sind meist feiner und bieten Sandaalen und Grundeln keine Unterschlupfmöglichkeiten mehr. Sandaale sind wiederum die Hauptnahrung für viele Vögel, Fische, Robben und Schweinswale. Daher schadet der Sandabbau über die Nahrungskette langfristig auch jenen Tieren, die der direkten Gefahr entkommen konnten.
Obwohl es sich bei der Sand- und Kiesentnahme um einen lokalen Eingriff handelt, sind die negativen Folgen oft wesentlich weiträumiger. Die beim Baggern aufgewirbelten feinen Sedimente verteilen sich großräumig mit der Strömung. Die Folgen sind eine erhebliche Trübung des Wassers, überlagerte und erstickte Riffe und eine Erhöhung des Anteils an Feinsedimenten in der Umgebung.
Auch die Geräuschbelastung ist enorm. Noch in 25 Kilometern Entfernung ist das Dröhnen der Saugbaggerschiffe unter Wasser zu hören. Das stört besonders die Meeressäuger wie Schweinswale und Robben in diesen Gebieten.
Sand- und Kiesflächen werden in der Roten Liste der Biotoptypen der Nordsee als "gefährdeter Lebensraum" bzw. als "stark gefährdet" eingestuft. Im deutschen Meeresgebiet sind die Sandbänke entsprechend als NATURA-2000-Gebiete ausgewiesen.
Der BUND lehnt Eingriffe zum Sand- und Kiesabbau in Meeresschutzgebieten grundsätzlich ab. Auch bereits erteilte Lizenzen müssen nach der Ausweisung der NATURA-2000-Gebiete aufgehoben werden.
