Durch den Baulärm werden die letzten Ostsee-Schweinswale stark beeinträchtigt. Außerdem wird befürchtet, dass durch das Umgraben der Sedimente erneut Schad- und Nährstoffe in erheblichen Umfang in das Ostseewasser gelangen. Auch der Einsatz von giftigen Chemikalien beim Bau ist ein wichtiger Kritikpunkt. Ungeklärt ist bisher noch, wie mit den Kampfmitteln aus den Weltkriegen umgegangen werden soll, die im Baugebiet vermutet werden.
Diese Eingriffe schaden dem Ökosystem der Ostsee erheblich. Geeignete Kompensationsmaßnahmen sind noch nicht im ausreichenden Maße geplant.
