Ähnlich sieht es im Naturschutz aus: Die Erhaltung der biologischen Vielfalt wird zwar als Ziel formuliert, aber es fehlt ein konkreter Maßnahmenkatalog, wie dieses Ziel erreicht werden kann. So soll ein Bundesprogramm zur Umsetzung der nationalen Strategie für biologische Vielfalt auf den Weg gebracht und damit einer zentralen Forderung des BUND entsprochen werden. Doch es werden weder die zentralen Handlungsfelder wie der Arten- und Biotopschutz, Moorschutz oder Waldschutz genannt, noch Geld dafür in Aussicht gestellt. Ebenso unverbindlich bleibt der Vertrag in der Flusspolitik.
Klar die Handschrift der FDP trägt der Beschluss, dass die Zerstörung von Natur durch neue Industrieansiedlungen, Straßen- oder Siedlungsbau künftig allein durch Geldzahlungen kompensiert werden kann, statt dass – wie bisher – an anderer Stelle ein Ausgleich zu schaffen ist. Der BUND wird in allen Bundesländern gegen solchen ökologischen Ablasshandel massiven Protest organisieren.
Der BUND begrüßt ausdrücklich die weitere Übertragung von Flächen des Nationalen Naturerbes in der Größenordnung von 25.000 Hektar wertvoller Naturflächen und das Versprechen, das Grüne Band entlang der ehemaligen innerdeutschen Grenze als Naturmonument zu sichern.