Flüsse und die sie umgebenden Auen bilden eine Einheit. Sie beherbergen in Deutschland die meisten Arten. Etwa zwei Drittel aller bei uns vorkommenden Lebensgemeinschaften sind hier in vielen verschiedenen, eng verzahnten Biotopen zu Hause. Sie stellen nur etwa sieben Prozent der Landesfläche.
Der Charakter eines Flusses verändert sich auf seinem Weg von der Quelle bis zur Mündung. Dadurch entstehen verschiedene Biotope, an die sich unterschiedliche Lebensgemeinschaften angepasst haben. Noch größer als die Vielfalt im Fluss ist die an seinen Ufern. Die Kraft des Wassers, die die umgebende Landschaft formt, schafft Altarme, feuchte Senken, Schlammbänke sowie Steilufer und überflutet regelmäßig die Auen und artenreichen Auwälder. Pflanzen und Tiere haben sich an den ständigen Wechsel angepasst und profitieren von dem nährstoffreichen Eintrag des Sedimentes, das die Auenböden fruchtbar macht.
Eine naturbelassene Aue bietet beispielsweise durch seine Steilufer, Kiesbänke und Schilfgürtel Nistmöglichkeiten für eine Vielzahl von Vogelarten. Sie reinigt das einströmende Wasser, hält den Fluss im biologischen und chemischen Gleichgewicht und bietet darüber hinaus Nahrung und Laichstätten für Fische und Amphibien.
