Inzwischen sind auf Druck der Verbände und der Europäischen Union in Deutschland 4.622 Gebiete mit 3,3 Mio. Hektar Land- und 2,2 Mio. Hektar Meeresfläche als Natura-2000-Gebiete an die Europäische Kommission gemeldet. Dies entspricht 9,3 Prozent der Landfläche. Doch damit ist noch nicht viel erreicht. Die FFH-Richtlinie verpflichtet die Mitgliedstaaten, einen günstigen Erhaltungszustand der jeweiligen Lebensräume und Arten zu bewahren und gegebenenfalls wiederherzustellen. Neben der Ausweisung und dem Management der Gebiete ist es demzufolge notwendig, diese zu überwachen und auf den angestrebten Schutz der Arten und Lebensraumtypen zu überprüfen (Monitoring). Die wesentlichen Ergebnisse des Monitorings müssen der EU-Kommission alle sechs Jahre vorgelegt werden.