Einschneidende Flussbaumaßnahmen
Durch Schotterung und Begradigung des Flusses hat sich die Elbe teilweise tief in ihr Bett eingraben. Es kam zu einem starken Absinken des Grundwasserstandes in der Aue, wodurch wertvolle Auwälder, Feuchtwiesen und Kleingewässer zerstört wurden. Viele Bewohner dieser Lebensräume verloren ihre Existenzgrundlage. Durch die Vertiefung der Elbe sind auch wichtige Flachwasserzonen im Fluss verschwunden, die für einige Fischarten existenziell sind. Lebenswichtiger Sauerstoff gelangt nicht bis in die neu entstandenen tiefen Gewässerzonen.
Unüberwindbare Barrieren
Die natürlichen Wanderrouten von Fischen wie Stör oder Lachs wurden von Stauwerken unterbrochen. Viele Nebenflüsse der Elbe sind vollkommen staureguliert und haben so ihre Bedeutung als Laichgebiete verloren. An der Elbe gibt es etwa 20 Stauwerke in Tschechien, eines in Deutschland bei Geesthacht.
Wasserqualität
Die Elbe und viele Nebenflüsse sind auch heute noch durch zu viele Schadstoffe belastet. Verantwortlich dafür sind eine intensive landwirtschaftliche Nutzung in den Auen, Einleitungen, aber auch Schadstoffe, die im Flussbett abgelagert sind.