So kommentierte der BUND die Ergebnisse der UN-Konferenz. Das zentrale Ziel, das Artensterben bis 2010 zu stoppen, wurde mit den Bonner Beschlüssen nicht erreicht. Drohenden Gefahren wie dem Anbau von Gentech-Bäumen oder von Biomasse auf Kosten der Ernährungslage und der Urwälder wurde kein Riegel vorgeschoben. Es wurde kein Stopp der Rodung von Urwäldern beschlossen, kein Herkunftsnachweis für (Tropen-)Holz verabschiedet. Es bleibt offen, ob das System zum gerechten Vorteilsausgleich verbindlich sein soll, und sämtliche Passagen zur Kontrolle der Umsetzung der Biodiversitätskonvention (CBD) wurden wieder aus den Beschlussentwürfen gestrichen.
Zwar haben Norwegen und Deutschland hohe Beiträge für den Schutz der Regenwälder und anderer Ökosysteme versprochen – die Bundesregierung will hierfür bis 2012 500 Millionen Euro bereitstellen. Jedoch sind nur wenige Länder dieser Initiative gefolgt. In den kommenden zwei Jahren ihrer Präsidentschaft bei der Biodiversitätskonvention muss die Bundesregierung deshalb noch zögerliche Regierungen in die Finanzierung von Schutzgebieten einbeziehen. Außerdem fordert der BUND die Bundesregierung auf, den Naturschutz im eigenen Land voranzubringen, z.B. beim Schutz des Wattenmeers, der Alpen und der Buchenwälder.
Auch wenn das Ergebnis ingesamt enttäuscht, gab es Fortschritte: z.B. die Ausweisung von Meeresschutzgebieten, die Einrichtung regionaler Workshops zur Produktion von Agrosprit, die Festlegung eines Fahrplans für einen gerechten Vorteilsausgleich bei der Nutzung biologischer Ressourcen der Entwicklungsländer. Auch die Verpflichtung, die aus der Landwirtschaft herrührende Nährstoffüberbelastung zu verringern, ist als Erfolg zu werten.