Die Möglichkeiten gentechnischer Verunreinigungen sind vielfältig: Im Saatgut, auf dem Feld, über gemeinsame Maschinennutzung bei Aussaat und Ernte, während Lagerung, Transport und Verarbeitung – überall ist es möglich, dass Gentech-Pflanzen biologische und konventionelle Produkte kontaminieren. Je mehr gentechnisch veränderte Pflanzen angebaut werden, desto schwieriger wird eine strikte Trennung. Gentechnische Kontaminationen könnten von der Ausnahme zur Regel werden. Die Folge: Der Aufwand und damit die Kosten, Verunreinigungen zu vermeiden, werden steigen.
Die Gemeinsame Forschungsstelle der EU-Kommission hat errechnet, dass sich die Anbaukosten zur Sicherung einer gentechnikfreien Produktion bei Raps, Mais und Zuckerrüben um wenigstens fünf bis zehn Prozent erhöhen, im Extremfall sogar um 40 Prozent. Nicht berücksichtigt sind in der im Jahr 2002 erschienenen Studie die Kosten zur Trennung der Warenströme im der Landwirtschaft vor- und nachgelagerten Bereich. Die Kosten, die die Vermeidung gentechnischer Verunreinigung verursacht, werden denjenigen angelastet, die weiterhin gentechnikfrei produzieren wollen.
