Im Zusammenhang mit gentechnisch veränderten Lebensmitteln werden in erster Linie zwei Gesundheitsrisiken diskutiert: das Entstehen neuer Allergien und weiterer Antibiotikaresistenzen.
Die in verschiedene Nutzpflanzen – bisher hauptsächlich in Soja, Mais, Raps und Baumwolle – neu eingebrachte Erbinformation produziert Proteine. Proteine sind potentielle Allergieauslöser, und Lebensmittelallergien beruhen auf einer Überempfindlichkeit gegenüber bestimmten Proteinen. Darüber hinaus kann die gentechnische Veränderung auch zu unerwarteten Veränderungen im Stoffwechsel der Pflanzen führen, die die Sicherheit und Qualität der daraus hergestellten Lebensmittel beeinträchtigt.
Ein weiteres mit gentechnisch veränderten Lebensmitteln verbundenes Problem sind die in eine Vielzahl von Pflanzen eingebauten Antibiotikaresistenzgene. Diese werden als sogenannte Markergene benutzt, mit deren Hilfe festgestellt werden soll, ob die an der Pflanze vorgenommene Genmanipulation erfolgreich war. Die Antibiotikaresistenzgene können sich auf Bakterien im menschlichen Darm übertragen. Dadurch besteht die Gefahr, dass immer mehr Antibiotika unwirksam werden.
Wie sich der Verzehr gentechnisch veränderter Pflanzen auf die menschliche Gesundheit auswirkt, wird nirgends auf der Welt untersucht. Folgerichtig stellt die EU-Kommission fest: Auf der Basis vorhandener Forschungen können keine Aussagen über Gesundheitseffekte gentechnisch veränderter Organismen getroffen werden – außer die, dass sie nicht akut toxisch sind. Der Grund: Es sind dazu keine Daten erhoben worden.
Wenn die Hersteller genmanipulierter Lebensmittel behaupten, ihre Produkte seien die am besten getesteten Lebensmittel überhaupt, so ist das Unsinn. Ihre möglichen subtoxischen, chronischen oder allergenen Wirkungen auf den Menschen sind bisher nicht erfasst worden. Die am besten getesteten Lebensmittel sind die, die Menschen seit Generationen verspeisen. Nicht die Gentech-Lebensmittel, die Labortiere über wenige Wochen vorgesetzt bekommen oder die in Zellkulturen getestet werden.
Das bei den meisten herbizidresistenten Pflanzen eingesetzte Breitbandherbizid Roundup und sein Wirkstoff Glyphosat schädigt nicht nur Pflanzen, sondern zeigt auch toxische Wirkungen auf den Menschen.